Başarılı ajan doğulmaz, başarılı ajan yumurtadan çıkar! Madagascar'ın muhteşem ajanlarıyla tanışın: Skipper, Kowalski, Rico ve Private. Bu seçkin penguenler, gizli bir örgütün kuvvetlerine katılırlar. Adı Kuzey Rüzgarı olan bu organizasyona lideri yakışıklı ve kuvvetli, adı gizli bir ajan liderlik etmektedir. Bu iki takımın bir an önce güçlerini birleştirip dünyayı yok etmek için hain planlar peşinde olan korkunç Dr. Octavius Brine'ı durdurması gerekmektedir.